中西医结合基础学科创建于1958年，是全国最早建立的中西医结合学科之一。学科致力于应用现代科技研究中医传统理论，阐明其科学内涵；立足于中医学对生命现象和疾病防治规律的独特认识，充实和丰富中西医结合的知识体系，提高临床疗效，推动医学理论创新。本学科是全国中医院校中首批获得硕士点（1981）、博士点（1986）授予权和设立博士后流动站（1998）的学科。本学科是上海市教委重点学科（第五期），同时学科所属一级学科中西医结合学科也于2012年成为上海高校一流学科（B类），2015年成为上海高校高峰高原学科（I类高原），2018年进一步成为上海高校高峰高原学科（I类高峰），2017年教育部全国高校第四轮学科评估中西医结合学科取得了A+的最优成绩。

中西医结合基础学科涵盖人体解剖学、组织胚胎学、生理学、病理学、生物化学、病原生物学和生物学等形态、机能各科室；同时，学科拥有国家中医药管理局重点研究室、三级实验室等平台。坚持教学、科研同步发展是本学科建设的一大宗旨，故本学科是解剖、生理、生化等多门西医基础课全国中医院校教材主编单位，并在国内较早开设中西医临床本科、本硕连读专业；承担了全国首批住院医师规范化培训与临床硕士专业学位相结合的培养模式试点，为社会输送了一大批高质量的中西医结合人才。自2012年以来，本学科共承担国家级科研项目41项、省部级项目22项；发表论文203篇，其中SCI或EI收录62篇；主编教材43本，出版专著6本；获得上海市科学技术奖三等奖1项、上海市级教学成果奖一等奖1项；发明专利5项；已经毕业博士生54人、硕士生88人；出站博士后4人；另有出国访学教师24名。

根据“自主创新，重点跨越，支撑发展，引领未来”的科技工作方针，以“继承，创新，现代化，国际化”为己任，凝聚优势资源，中西医结合基础学科集聚了一批国内外优秀的中西医结合学科人才。我国第一代中西医结合学者赵伟康教授、严振国教授在中医药抗衰老和经穴解剖领域长期耕耘，取得了显著成绩，被授予终身教授。在老一代学者开创性工作的引领下，学科以现代科学方法诠释中医“藏象”学说和“辩证论治”理论为核心科研目标，形成了一批重点研究方向：

1.中医药抗衰老理论与防治疑难疾病的基础研究

本研究方向重点以中医肾虚衰老、肾主骨生髓、脑为髓之海理论和阴阳平衡整体调整观为指导，应用自然衰老大鼠为肾虚衰老动物模型，观察HPAT轴调控大脑有关学习记忆功能的增龄性退化机制及补肾（左归丸）益气（益气聪明汤）方药的延缓作用及其靶点，用方药药效揭示中医肾虚脑衰理论的科学内涵，从深层次探讨学习记忆功能增龄性退化的分子机制。同时，在衰老的神经生物学机制和老年性神经退行性疾病防治的研究中，研究团队发现了氧化代谢紊乱、氧自由基产生增加、免疫/炎症反应是氧化代谢紊乱引起的神经元死亡的重要病理生理过程；内质网应激、未折叠和错误折叠蛋白累积是参与氧化代谢紊乱引起的神经元死亡的主要细胞机制。

2.中医传统理论的实证性科学研究

本研究方向突出中医藏象这一整体论的核心问题及不同功效方剂治疗同一疾病取效的辨证论治关键科学基础问题。中医“藏象”学说与“证候论治”理论是中医临床治疗体系的核心，藏象学说也是中医药现代研究最基本、最核心的内容，肾主耳理论则是藏象学说的重要内容。研究团队从整体出发，充分利用系统生物学技术，构建中医肾与耳相关的网络模型，系统阐释中医肾主耳理论的物质基础。同时，对于心血管疾病的方证病理研究，主要通过转录组测序、蛋白质组学和代谢组学等组学方法和技术，从药物、疾病角度揭示“心主血脉”理论的科学内涵，诠释“心主血脉”理论的合理内核和物质基础。

3.经穴的组织解剖学、电针影响神经损伤再生及记忆功能的作用机制研究

经穴的组织解剖学研究方向突出腧穴形态结构与虚拟人的有机融合：研究团队基于传统中医理念与近代生物力学理论，开发了穴位数字化虚拟人操作平台，该操作平台能从多层次、多方位、任意角度观察和了解常用穴位和危险穴位针刺的解剖要点和针刺动态全过程，为中医药学与针灸经络学的进一步研究和新领域的开拓提供了图像显示平台。电针影响神经损伤再生及记忆功能的研究是分别以周围神经损伤和阿尔茨海默病（AD）为切入点，从外泌体介导miR-21传递以及自噬通路调控分别阐释电针促进周围神经损伤后神经再生和改善AD动物模型学习记忆功能的分子机制，本研究将为临床推广电针治疗和探索电针作用新靶点提供实验依据和理论基础。

4.中西医结合防治感染性疾病与非可控性炎症恶性转化

本研究方向系近年内新培育的学科生长点，从抗感染免疫与抑制病原生物致病性与耐药性的新视角重新审视中医药的抗感染作用与机制，同时研究传统中医药在肿瘤微环境重建和NK细胞免疫调控与免疫治疗中的作用与机制。研究团队利用近年来所取得的工作基础和人才队伍优势，开展了有中西医结合鲜明特色的中医抗感染及肿瘤免疫药理学研究，弥补了国内同类研究的空白与不足。研究团队于2018年在Autophagy杂志（IF:11.1）上发表了一篇本学科迄今为止单篇影响因子最高的论文，显示了强劲的科研实力。