中医临床基础学科成立于2001年，由伤寒论、金匮要略、温病学三个教研室组成。现有教研人员共15名，其中教授2名，副教授6名，讲师7名，博士生导师2名，硕士生导师6名，教师均具有博士学位。

本学科十分注重中医临床经典理论的传承，已形成老、中、青相结合的优良学术团队，有一批国内外知名的专家教授。著名中医学家金寿山任我校首任伤寒温病教研室主任，海派中医名家殷品之教授、沈济苍教授、张震夏教授、叶怡庭教授、柯雪帆教授、吴银根教授、沈庆法教授、赵章忠教授等为本学科奠定了坚实的基础。近年来本学科张再良教授编著出版《读解伤寒》、《读解金匮》、《温病心悟》、《经方世界》、《金匮要略品鉴》、《金匮要略杂病解》、《伤寒卒病新解》、《伤寒新解与六经九分应用法》、《中医临床经典概要》等专著进一步增添了本学科在全国的影响力。本学科张再良教授、曲丽芳教授、杨爱东教授先后被聘为香港大学中医药学院客座教授，扩大了本学科在国际的影响力。

目前本学科依托我校与曙光医院、岳阳医院、上海市中西医结合医院“院院合作”平台，聚焦以下研究方向，逐步形成了一支“懂经典、会临床、有悟性、国际化”的中医临床经典学科团队。研究方向如下：1.中医临床经典文献研究，主要包括中医古籍脾胃病方药研究、江南何氏医学研究、中医神志病学研究等。2.中医经典方调控炎症（肺损伤、肺纤维化和急性肝衰竭等）的机制研究。3.中医经典外语教学团队建设（英语和日语）。

本学科围绕我校卓越中医药教育培养计划，在开设《伤寒论》、《金匮要略》、《温病学》三门经典课程基础上，新开设的课程主要有《中医食疗学》、《中医体质学》、《中医神志病学》、《中医经典人文实践》、《计算机在医学中的应用》等。特别是开设的《中医临床经典导读》课程、各经典原著精读课程和经典临床运用提高课程的三段式经典教学模式获得全国高等中医药院校同行的一致认可。

近年来本学科承担了国家自然科学基金、国家中医药管理局（校注珍本古医籍）、上海市科委等多项科研项目，发表学术论文（包括CSCD和SCI收录等）一百余篇，出版学术专著三十余部，主编、副主编全国高等中医药院校“十五”、“十一五”、“十二五”、“十三五”规划教材《伤寒论讲义》、《金匮要略》、《温病学》等。在古今剂量转换研究、中医临床经典文献研究、腹诊仪研制和基于信息技术（IT）的数据库建设等方面有一定影响力。